黑水河发源于羊拱山脉的希娘山东麓，由西北向东南横贯黑水县，流经12个乡，县内流长91公里。在两河口与赤不苏河汇合后经茂县于飞虹桥注入岷江，全长162公里，流域面积6,160平方公里。平均比降千分之21，累年平均流量141立方米／秒，大小支流与溪沟形成树枝状的水网结构，其上游河谷狭窄，中下游逐渐开阔。
　　较大的支流有3条：毛儿盖河──源于松潘县毛儿盖，由北向南在北纬30^o00'、东经103^o10'处流入黑水县境，至热里与小黑水河汇合，全长90.2公里，流域面积1,835平方公里，平均比降千分之11.4，累年平均流量27.6立方米／秒；小黑水河──源于黑水县麦扎乡之包洛柯，由8条溪沟汇集而成，在热里与毛儿盖河相汇，于渔巴渡注入黑水河，全长约70公里，流域面积554.9平方公里，果年平均流量12.8立方米／秒；赤不苏河──又称白水河，源于茂县以西之万年雪山与赤马梁子一带，上游有色如、九龙等溪沟汇入。经茂县维城、雅都、曲谷等地于两河口注入黑水河，全长49公里，流域面积750平方公里，平均比降千分之35.1。累年平均流量13.42立方米／秒。